Journée cartostats - 9 juin 2017
1. Pourquoi ?
Qu'est ce que la recherche reproductible ?
Le principe de la reproductibilité est au fondement même des sciences
La reproductibilité est le meilleur test de la validité d'une expérimentation scientifique. "La science est infaillible ; mais les savants se trompent toujours" (Anatole France, 1889)
[CONSTAT] Par rapport aux sciences experimentales, Les sciences basées sur l'informatique ont l'avantage d'être plus facilement reproductibles.
[OBJECTIF] Accompagner les publications scientifiques des jeux de données et codes sources pour permettre aux collègues de reproduire les résultats.
Intérêt de la recherche reproductible
Peng, 2011
Et les cartes ?
Les cartes, comme les autres production graphiques ou statistiques sont des éléments à part entière des études scientifique.
La grande majorité des cartes produites dans un contexte académique sont issues de processus comlexes. Elles sont donc souvent produites en utilisant une grande variété de logiciels et de formats.
Cette variété de formats et de logiciels rend difficile la reproduction des cartes.
=> UN OBJECTIF : simplifier les chaines de traitement
Simplifier les chaines de traitement
Simplifier les chaines de traitement
Les enjeux de la cartographie reproductible
Un langage commun permetant de couvrir les différentes étapes de la constructuion cartographique
- Garder une trace cohérente des traitements effectués
- Partager ses méthodes
- Etre transparent, s'exposer à la critique
- Faciliter les mises à jour
- Travailler collectivement
- Automatiser des taches
- Lier fortement l'analyse et la représentation
Cartographie reproductible
2. Comment ?
Quels critères pour choisir les bons outils
Disponibilité (question du coût des licences)
Transparence (open-source, licence d'utilisation)
Simplicité d'utilisation (degrès d'adoption de la solution dans la communauté concernée)
Un jeu d'outils et de technologies
Le logiciel R
Son écosystème de packages
Un environnement de développement intégré (IDE).
Un jeu d'outils et de technologie
+
=> Des solutions de literate programming, tel que le Markdown et le RMardown.
Literate programming : Une explication de la logique du programme en langage naturel, entremêlée de morceaux de code source.
=> Un logiciel de gestion de version, tel que git et la plateforme d'hébergement Github pour diffuser et partager ses résultats, travailler en équipe ou faire appel à des contributeurs.
R
R est un langage et un environnement permettant de réaliser une variété de traitements statistiques et de représentations graphiques.
R est un logiciel libre sous license GNU General Public License.
R est multiplateforme (GNU/Linux, Windows, OS X…).
Les packages
10762 packages dans le Comprehensive R Archive Network (CRAN) (6 juin 2017)
CRAN package data through 2016 by Andrie de Vries